Evaluación de los coeficientes Jaccard, Dice, Jeffrey´s X y Ochiai en la genotipificación de Leuconostoc spp.

Resumen

Los coeficientes de similitud basados en el análisis del número de bandas, como el coeficiente de Dice o Jaccard, se utilizan para la construcción de dendrogramas, lo que proporciona una evaluación cuantitativa de la similitud de deformaciones y la asignación del genotípo se basa en la definición de un valor de enlace umbral, por debajo del cual las cepas se asignan al mismo grupo. Normalmente, esto se realiza de forma empírica mediante la inspección del dendrograma de análisis de conglomerados jerárquico que contiene las cepas de interés [2, 3]. Sin embargo, en una colección de cepas cuyo contenido de integrantes siempre es variable (tendiente a incrementarse continuamente) la eficiente organización jerárquica por este criterio se ve limitada, ya que el algoritmo límite debe reorganizarse cada vez que una nueva cepa se añade a la colección [6]. Una posible solución a la inestabilidad de la clasificación es generar una base de datos que colecte los patrones de bandas ya clasificados y en la misma, calcular continuamente el valor de similitud. Sin embargo, esta solución requiere determinar cuál es el coeficiente de similitud de patrones que mejor reproduce la clasificación de referencia. En consecuencia, el objetivo de este trabajo fue evaluar la exactitud de los coeficientes de similitud; Jaccard, Dice, Jeffrey´s X y Ochiai para clasificar patrones de bandas, con la finalidad de emplearlos en una clasificación automática de una colección de cepas bacterianas y comparar su eficiencia frente a la asociación visual de Tenover. En este documento se pretende destacar el valor crítico de las grandes colecciones que se han clasificado de forma visual y de la importancia de la implementación de la automatización informatizada en el laboratorio de referenciación genotípica de cepas bacterianas. Se emplearon tres colecciones de patrones de bandas: una que contenía 87 patrones de bandas generados por PFGE, otra de 112 patrones de RAPD y finalmente, una más de 23 patrones de restricción de plásmidos, resultado de la tipificación de cepas de Leuconostoc spp. Se utilizaron curvas de Característica Operativa Relativa (ROC, receiver operating characteristic, por sus siglas en inglés) para seleccionar él o los coeficientes posiblemente óptimos para la clasificación de patrones de bandas obtenidos por PFGE, RAPD y restricción de plásmidos. La parametrización óptima e identificación de los coeficientes de similitud idóneos para la comparación de patrones de banda, abre la posibilidad de llevar a cabo de manera satisfactoria la automatización del análisis de los datos gráficos generados mediante PFGE, RAPD y restricción de plásmidos. Finalmente, dado que no se observó una adecuada correlación entre la clasificación visual y la estadística, se sugiere limitar el empleo dela CVGTenovera colecciones reducidas de cepas.